Formación y descripción general
La reserva natural se sitúa en el noroeste de la provincia de Málaga. Con una extensión de 1.486,59 hectáreas, se encuentra situada en el municipio de Fuente de Piedra y pertenece al conjunto endorréico de lagunas de la zona de Antequera. La forma del vaso lagunar es elíptica, con sus dimensiones de 2,5 km en su eje menor y 6,7 km en el eje mayor. Las lluvias constituyen la única entrada de agua al sistema, repartida entre precipitación directa sobre la laguna, escorrentía superficial y aporte subterráneo. La única salida de agua de la laguna se da por evaporación, lo que determina su carácter cerrado o endorreico.

La Laguna de Fuente de Piedra es la más grande de Andalucía y ofrece un entorno privilegiado para la reproducción del flamenco rosa, además de ser área de invernada y de paso de muchas otras aves. La nidificación del flamenco constituye uno de los fenómenos más enriquecedores del ciclo anual de este humedal.
Debido al tipo de sustrato la evaporación del agua hace que la sal quede cristalizada sobre la superficie. La explotación de este recurso, que se abandonó hacia la década de los cincuenta, se remonta hasta la época romana, Los antiguos diques, muros y canales empleados para tal fin resultan ser hoy imprescindibles para la nidificación del flamenco y de otras especies de aves acuáticas.
El paisaje de esta zona, de relieve muy suave y cubierto de campos de olivos y cereal, está dominado por la enorme laguna, en la que el interés ecológico por la importante colonia de flamencos que alberga, se le une la belleza paisajística de su extensa lámina de agua. Ni siquiera en los años secos, cuando el nivel de la laguna disminuye, desaparece la espectacularidad de la zona.

La laguna se formó hace 5 millones de años, en el Plioceno bien por una elevación de la cuenca o bien por un hundimiento del nivel del mar, se depositaron diversos materiales marinos, como son los carbonatados, que pasaron a constituir un depósito de plataforma. Más tarde estos materiales se plegaron dando origen a unos relieves más o menos pronunciados que la erosión se encargó de ir rellenando con materiales molásicos. Consecuentemente aparecieron una serie de arroyos que buscando la parte más deprimida de la zona fueron depositando sus aguas. Al no encontrar salida, éstas se fueron acumulando dando origen a la laguna.